Plantilla mundialista 2006 y campeonato de 2007

En el 2006 LDU conformaría un gran equipo: Christian Mora, arquero mundialista, al igual que Néicer Reasco, Paúl Ambrosi, Giovanny Espinoza, Patricio Urrutia, Édison Méndez y el goleador histórico de la selección ecuatoriana, Agustín Delgado, se juntaban con Carlos Espínola y Enrique Vera, varias veces seleccionados paraguayos, y con el armador peruano Roberto Palacios, estrella destacada de la selección de la franja roja. Ese año LDU llegó a cuartos de final de Copa Libertadores donde fue eliminado por el Internacional de Porto Alegre de Brasil que terminaría por ser campeón del torneo, cabe recalcar que LDU fue el único equipo que le pudo ganar a éste equipo brasileño durante la Copa Libertadores del 2006, lo hizo en Quito por el marcador de 2 a 1. En esa Copa también obtuvo resultados contundentes debido a un juego de equipo realmente espectacular. Goleó 5 a 0 al Rocha Fútbol Club de Uruguay, 4 a 0 al Universitario de Deportes del Perú y por el mismo marcador triunfó en su estadio ante el Atlético Nacional de Colombia, por los octavos de final de la máxima competición continental. También llegaría a mitad de ese año, el entrenador argentino Edgardo Bauza, que marcaría en el futuro un hecho histórico para el club y para el fútbol ecuatoriano.

Debido a la larga lista de jugadores que salieron al exterior, fruto de la destacada participación de Ecuador en la Copa Mundial de Fútbol Alemania 2006, y con algunos jugadores considerados fundamentales suspendidos, LDU tuvo que renovar su equipo para el año 2007. Edgardo Bauza pidió la contratación del delantero argentino Luis Miguel Escalada, que había sido goleador de la Serie A de Ecuador en el 2006 jugando para Emelec. También llegaron al equipo el defensa central de nacionalidad argentina Norberto Araujo y su compatriota José Vizcarra, el mismo que se iría sin éxito del equipo. Pese a todos estos aspectos negativos LDU hace una gran campaña y clasifica al hexagonal final. LDU alcanzó a ser campeón ese año siendo claramente superior al resto de equipos ecuatorianos.^[112] Una figura importante de este equipo fue Christian Lara jugador, que terminaría siendo considerado el mejor de la temporada en Ecuador.